DNA電泳一般使用的都是瓊脂糖凝膠電泳，電泳的驅(qū)動(dòng)力靠DNA骨架本身的負(fù)電荷。 聚丙烯酰胺（PAGE）凝膠電泳用于蛋白質(zhì)與寡糖核苷酸的分離。電泳的驅(qū)動(dòng)力靠與蛋白質(zhì)結(jié)合的SDS上所攜帶的負(fù)電荷。蛋白質(zhì)電泳（一般指SDS-PAGE）根據(jù)蛋白分子量亞基的不同而分離蛋白。蛋白質(zhì)亞基的電泳遷移率主要取決于亞基分子量的大小，電荷因素可以忽視。
所以相同點(diǎn)就是樣品都是帶負(fù)電荷的，從負(fù)極向正極移動(dòng)，移動(dòng)的距離都和樣品的分子量有關(guān)。而且這兩個(gè)電泳體系可以互相交換使用。進(jìn)行大分子蛋白質(zhì)電泳時(shí)，可以考慮換用瓊脂糖凝膠，因?yàn)樵擉w系孔徑大。相反，如果需要精確到各位數(shù)堿基的DNA電泳也可以使用聚丙烯酰胺凝膠系統(tǒng)，因?yàn)槭褂迷撓到y(tǒng)可以將相差一個(gè)堿基的兩條DNA鏈分開。
不同點(diǎn)首先是樣品不同。這個(gè)就不用多說了。其次是結(jié)果的觀察方法不同。DNA電泳普遍使用EB做染料，在紫外燈下觀察；而蛋白電泳使用的考馬斯亮藍(lán)染色，還需要經(jīng)過脫色步驟，不過觀察起來比較簡單。還有就是膠體系的差別，DNA電泳通常是一膠跑到底，而蛋白質(zhì)電泳則會(huì)有分離膠和濃縮膠之區(qū)別。
電泳中樣品移動(dòng)的本質(zhì)確實(shí)是樣品所攜帶的電荷。但是，區(qū)分這些條帶直接可以用分子量而無需使用電荷數(shù)，是因?yàn)檫@些樣品的電荷/分子量比都是恒定的了。以DNA分子為例，它在電泳中的移動(dòng)是靠其骨架中磷酸所攜帶的負(fù)電荷來實(shí)現(xiàn)的，而這個(gè)磷酸分子又是每一個(gè)核苷酸中都有的，所以DNA分子所攜帶的負(fù)電荷數(shù)是由其核苷酸總數(shù)決定的。而且，DNA分子中核苷酸的組成動(dòng)輒成百上千，在如此大的分子量面前，討論單個(gè)核苷酸之間分子量的差別就顯得毫無意義。這樣，DNA分子中負(fù)電荷的量就可以用DNA的分子量來代替，反過來，DNA的分子量也就可以用DNA分子所攜帶的電荷來代替（一句話，DNA分子的電荷/分子量比是恒定的）。
這在蛋白電泳中（特別是SDS-PAGE中）是一樣的。在SDS-PAGE中，SDS將蛋白質(zhì)變性成直線分子并緊密包裹于其上，使得其所攜帶的電荷與蛋白分子量成了一定的比例，剩下的就和核酸電泳一樣了。www.mails.yyvswhl.cn
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